Beberapa kerugian Open Source

1. Kurangnya SDM yang dapat memanfaatkan open source.
   Ketersediaan source code yang diberikan dapat menjadi sia-sia, jika SDM yang ada tidak dapat menggunakannya. SDM yang ada ternyata hanya mampu menggunakan produk saja, Jika demikian, maka tidak ada bedanya produk open source dan yang propriertary dan tertutup.
2. Tidak adanya proteksi terhadap HaKI.
   Kebanyakan orang masih menganggap bahwa open source merupakan aset yang harus dijaga kerahasiannya. Hal ini dikaitkan dengan besarnya usaha yang sudah dikeluarkan untuk membuat produk tersebut. Karena sifatnya dapat di-abuse oleh orang-orang untuk mencuri ide dan karya orang lain.
3. Kesulitan dalam mengetahui status project.
4. Tidak ada garansi dari pengembangan.
5. Limitasi modifikasi oleh orang – orang tertentu yang membuat atau memodifikasi sebelumnya.
6. Untuk beberapa platform, contohnya JAVA yang memiliki prinsip satu tulis dan bisa dijalankan dimana saja, akan tetapi ada beberapa hal dari JAVA yang tidak competible dengan platform lainnya. Contohnya J2SE yang  SWT – AWT bridge-nya belum bisa dijalankan di platform Mac OS.
7. Open Source digunakan secara sharing, dapat menimbulkan resiko kurangnya diferensiasi antara satu software dengan yang lain, apabila kebetulan menggunakan beberapa Open Source yang sama.